電子処方箋システムをめぐっては、一部の医療機関と薬局でシステム設定の不備により、電子処方箋を受ける薬局側のシステムで実際の処方と異なる医薬品名が表示された事例が7件報告された。

具体的には、電子処方箋システムの運用について、医療機関と薬局で独自に使用しているハウスコードと電子処方箋で用いるコード（YJコード、レセプト電算コード、一般名コード）との紐付けの誤りとされている。

不備による健康被害を未然に防ぐため、厚労省は医療機関等に電子処方箋システムの一斉点検を要請した。

点検内容として「医療機関・薬局において医薬品マスタを設定する場合は設定誤りがないか必ず確認すること」「特定の医薬品に特殊な事例を除き、ダミーコードを設定しないこと」などを確認するよう求めた。

点検を促す周知期間である20～24日まで医療機関からの電子処方箋発行を停止し、25日以降に対応が完了した施設を順次、厚労省のホームページ上で公表することとしていた。

しかし、厚労省は今回「医療機関等に確認を行っているところ、電子処方箋を発行している医療機関への確認がごくわずかに残っているため、万全を期す」として、電子処方箋発行の再開を延期することを決めた。

再開日については、決まり次第速やかに公表するとしている。