指針は電子版お薬手帳サービスの運営事業者等に向け、対応が必要と考えられる事項を示したもので、「電子版お薬手帳サービスとして実装すべき機能」「実装が望ましい機能」「将来的に実装が望ましい機能」に章立てた。

実装すべき機能は指針公表から1年をメドに実現するよう求めている。具体的には、マイナポータルから提供される薬剤情報等を取り込めること、利用者の電子版お薬手帳の画面に現在使用している医療用医薬品の処方記録、OTC医薬品の服薬記録を表示し、一覧できることも必須とした。

有効成分、医療用、要指導、OTCの特徴、効能・効果、用法・用量の情報表示、利用者が秘匿したい情報を指定可能な機能なども求めた。

将来的に実装していることが望ましい機能として、健康食品を含めた相互作用に関するアラート機能、医薬品医療機器情報配信サービス（PMDAメディナビ）等の情報提供サービスとの連携機能、地域医療連携ネットワークとの連携を可能とすること、副作用等について利用者や薬局・医療機関が報告可能な機能なども求めた。

服薬方法によっては重篤な問題を引き起こす恐れのある医薬品について服薬方法をプッシュ通知等で利用者に通知する機能、地域医療連携ネットワークとの連携を可能とする機能なども求めた。

電子版お薬手帳の提供施設に対しても情報セキュリティの確保を求めたほか、薬剤師等が電子版お薬手帳について利用者に説明すること、利用者が一つのサービスを利用するよう促すことなども必要とした。

運営事業者等が留意すべき事項として、個人情報保護の徹底など情報セキュリティに注力すること、事業に参入する際には中長期的なサービスの提供を前提とするなど安定的なサービスの提供などを求めた。