薬機法改正案では、患者が自身に適した薬局を選択できるよう「地域連携薬局」「専門医療機関連携薬局」といった特定の機能を持つ薬局を都道府県知事が認定する制度（名称独占）の導入を盛り込んでいる。
癌などの専門的な薬学管理に他の医療提供施設と連携して対応する専門医療機関連携薬局では、要件の一つに「専門性が高い薬剤師の配置」が明記されており、医療薬学会と日薬が新たな認定制度の構築も視野に協議を行っている。
具体的には、医療薬学会の「専門薬剤師認定制度」を開局（薬局）薬剤師向けに一部修正し、薬局薬剤師でも取得できる要件設定などを検討しているという。
和歌山県薬剤師会の稲葉眞也会長は、薬剤師の地域偏在が進む状況では、「資金や人員に余裕がある大手薬局チェーンが有利になるのではないか」との懸念を表明。
愛知県薬剤師会の岩月進会長は、病院薬剤師と薬局薬剤師の役割の違いに触れ、病薬を想定した医療薬学会の認定制度を薬局向けの認定とすることには「無理があるのではないか」と疑問視した。
山本信夫会長は、病院薬剤師と薬局薬剤師の違いについて「いる場所は違うが、やることは同じ」と強調し、「薬局薬剤師でも十分対応できるような仕組みを考えている」と理解を求めた。
また、岩月氏は9日の日薬定例会見で、山本氏が次期専務理事を前提に日薬入りする磯部総一郎前厚生労働省医薬・生活衛生局監視指導・麻薬対策課長に対して、「立場をわきまえるよう」などと発言したことを問題視。日薬の会長として、「発言には注意していただきたい」と要望した。
山本氏は、「様々な表現をしたことで誤解を生じた。こうしたことが起きないよう、十分に注意したい」と述べた。
会長会議終了後のレセプションでは、山本氏が15日から日薬の「会長付」という立場で勤務する磯部氏を紹介。磯部氏は、「今までは外からお付き合いさせてもらったが、中に入るのと外からではだいぶ違う」と述べた上で、「厳しい指摘もいただいているが、皆思うことは国民、患者のために頑張ろうということ。浅学非才の身ではあるが、頑張らせていただきたい」と抱負を語った。
