塩崎恭久厚生労働相は7日、閣議後の記者会見で、化学及血清療法研究所（化血研）が日本脳炎ワクチン「エンセバック」について、国の承認書と違う方法で製造していたとして報告命令の行政処分を行ったことに言及。「再び法律違反を繰り返し、報告命令を行うに至ったことは大変遺憾」とした上で、「今後の対応を厳しく見極め、さらなる処分も検討し、厳正に対処していく」との考えを示した。また、化血研が今回の事件発覚は厚労省の指摘ではなく、自主的に報告したとの認識を発表したことについて「厚労省の認識と大きくかけ離れている」と厳しく批判した。

厚労省は、化血研が「エンセバック」について国の承認書に定められたウイルス不活化処理を一部実施していない原料を使って製造していたとして報告命令を出し、弁明の機会を与えた上で、業務改善命令を出すことにしている。再び不正が発覚した今回の事態を化血研が報告せず、抜き打ち検査で発覚したことを重く見て、今後の対応次第で製造販売業許可の取り消し処分を下す可能性もあると警告した。