厚生労働省は、熊本地震の被災地での保険調剤について、事後に処方箋が発行されることを条件に、主治医との電話やメモなどがあれば、処方箋なしで調剤可とする診療報酬の例外的な取り扱いを被災地県等に通知した。患者に必要な処方箋医薬品について、大規模災害時などの正当な理由に当たるとして販売できることも都道府県に周知した。

通知では、患者が処方箋を持参せずに調剤を求めてきた場合、事後に処方箋が発行されることを条件に、主治医との電話やメモなどにより、医師からの処方内容を確認できれば保険調剤として扱えるとした。

医療機関と連絡が取れないときに、服薬中の薬剤をなくした被災者で、処方内容が安定した慢性疾患に関する処方であることが薬歴やお薬手帳、包装などにより明らかなときも、保険調剤として認めるとした。ただ、この場合も事後に医師に処方内容を確認することとしている。

また厚労省は、処方箋医薬品の販売について、今回の熊本地震が薬機法に規定された「正当な理由」に当たるとの判断を示し、医師の診察を受けることが難しい場合や医師から処方箋の交付を受けることが難しい場合、患者に必要な処方箋医薬品を提供できることを、被災地などの都道府県に周知した。