厚生労働省保険局医療課は、2016年度診療報酬改定の疑義解釈（第1弾）で、かかりつけ薬剤師指導料（70点）、かかりつけ薬剤師包括管理料（270点）の算定要件になっている「3年以上の薬局勤務経験」について、病院薬剤師としての勤務経験であっても1年を上限に認めることなどを明確化した。

16年度改定で新設された「かかりつけ薬剤師指導料」「かかりつけ薬剤師包括管理料」では、「保険薬剤師として3年以上の薬局勤務経験があること」が施設基準の一つになっている。

しかし、新たな制度の創設による経過的な取り扱いとして、当面の間、「病院薬剤師としての勤務経験が1年以上ある場合、1年を上限として薬局勤務経験の期間に含めることでよい」とし、3年間のうち1年間は病院での勤務経験を薬局勤務経験年数としてカウントすることを認める考えを示した。

こうした考え方については、基準調剤加算（32点）の施設基準である、管理薬剤師の勤務経験の取り扱いにおいても適用されるとした。

また、患者からの同意取得の方法について、初回来局時の患者アンケートへの署名では「同意を取得したことにはならない」と明確化。同意は、指導料を算定しようとする薬剤師が改めて説明した上で、取得する必要があるとした。

なお、アンケートでは、「かかりつけ薬剤師を選択することの意向確認を行うことは差し支えない」との考えを示した。

基準調剤加算（32点）の施設基準の一つとなっている「患者のプライバシーに配慮した構造」については、「複数のカウンターがある薬局はその両サイドをパーテーションで区切ることが考えられる」とした。

また、カウンターと待合室との距離が短い場合は、十分な距離を確保したり、会話が他の患者に聞こえないような対策をとるなど、「やりとりが漏れ聞こえないような対応が必要」になることを明確化した。

同加算の要件である「土日に一定時間以上開局」については、具体的な時間数は規定せずに、地域のニーズに対応できる開局時間を確保することを求めた。