薬学部６年制第１期生を輩出した67大学の卒業者のうち約40％が薬局、約30％が病院・診療所の薬剤部（科）、一般販売業へも従来より若干多い６％強が就職し、全体として４分の３が“現場薬剤師”への道を選んだ。また、旧４年制時代に３割近くを占めた進学は、６年制になり２％にとどまった。薬学教育協議会がまとめた「２０１２年３月薬系大学卒業生・大学院修了者就職動向調査の集計報告」で明らかになった（表参照）

同調査は全薬系74大学のうち、今年３月に６年制第１期生を輩出した67大学全てから回答があった。６年制および４年制の卒業生ならびに大学院博士課程前期課程（修士課程）・博士後期課程（博士課程）修了者が対象。なお、同調査では８大学（国立５校、私立３校）から「６年制卒業者の進学者」に関する回答がなかった。

６年制卒業者は８４７６人（男性３３６９人、女性５１０７人）だった。なお、新４年制の修士修了者１０８３人を合わせると、総卒業者９５５９人となる。これを旧４年制教育を受けた08年３月卒業生と比較すると、総卒業者（56大学で調査）は１万０１０９人（男性４２１７人、女性５８９２人）で、大学数が増加したにもかかわらず、卒業者は減少している。